Pasal 41 Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2006 tentang Kewarganegaraan Republik Indonesia : ” Anak yang lahir sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 huruf c, huruf d, huruf h, huruf I dan anak yang diakui atau diangkat secara sah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 5 sebelum undang-undang iini diundangkan dan belum berusia 18 (delapan belas) tahun atau belum kawin memperoleh Kewarganegaraan Republik Indonesia berdasarkan undang-undang ini dengan mendaftarkan diri kepada Menteri melalui Pejabat atau Perwakilan Republik Indonesia paling lambat 4 (empat) tahun setelah undang-undang ini diundangkan.” Bahwa terhadap anak-anak yang berada di luar cakupan Pasal 41 tersebut yaitu anak-anak hasil perkawinan campuran dan anak-anak yang lahir di negara Ius Soli (berdasar tempat kelahiran), yang tidak mendaftar sebagai anak berkewarganegaraan ganda atau anak-anak yang sudah mendaftar tetapi tidak atau terlambat memilih Kewarganegaraan Republik Indonesia hingga batas waktu yang ditentukan Undang-Undang b
Pengadilan Agama Magelang sebelum tahun 1977 bertempat di Masjid Agung Magelang, kemudian setelah tahun 1977 pindah dan berkantor di wilayah Kecamatan Tegalrejo dengan fasilitas sarana dan prasarana dari Departemen Agama Republik Indonesia, hal ini berdasarkan Pasal 11 Ayat (1) UU No.7 Tahun 1970 tentang Ketentuan Pokok Kekuasan Kehakiman Jo Pasal 5 Ayat (2) UU No. 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama dimana wilayah hukum Pengadilan AgamaMagelang pada saat itu sangat luas karena wilayah tersebut mengikuti wilayah kekuasan pemerintahan Kota Magelang dan Kabupaten Magelang.
Namun karena adanya perubahan dan perkembangan pemecahan pemekaran wilayah kekuasaan pemerintahan menjadi dua bagian yaitu pemerintahan kota dan pemerintahan kabupaten, maka saat itu Pengadilan Agama harus menyesuaikan diri dengan memisahkan antara kabupaten dengan kota yang akhirnya pada tahun 1987 terbentuklah Pengadilan Agama Mungkid yang mempunyai wilayah hukum sebagaimana wilayah pemerintah kabupaten dan Pengadilan Agama Kota Magelang yang mempunyai wilayah hukum sama dengan pemerintah Kota Magelang yaitu terdiri dari 3 kecamatan.
Departemen Agama saat itu belum siap melaksanakan amanat pemisahan tersebut, sehinga meskipun wilayah hukum Pengadilan Agama Magelang adalah Kota Magelang, akan tetapi masih berkantor di Kecamatan Tegalrejo yang merupakan wilayah hukum Pengadilan Agama Mungkid dan baru tahun 2000 dengan pertimbangan pelayanan kepada masyarakat Kota Magelang
Selanjutnya pemerintah Kota Magelang menyediakan fasilitas sarana dan prasarana dengan meminjami gedung sebagai kantor untuk kepentingan Pengadilan Agama Kota Magelang, bahkan sempat berpindah sebanyak tiga kali sebelum akhirnya memiliki gedung Pengadilan Agama Magelang sendiri yang pada tanggal 3 Maret 2009 telah diresmikan pemakaiannya. Gedung yang megah dengan luas bangunan 1.200 m2 di atas tanah seluas 3.647 m2 yang terletak di Jl. Sunan Giri, Jurangombo Selatan Kecamatan Magelang Selatan Kota Magelang.